Иногда не получается установить сертификат в контейнер КриптоПро CSP в автоматическом режиме.
В этом случае необходимо это сделать в ручном режиме.
Запуск программы "Инструменты КриптоПро" (cptools)
Запустите программу: ПУСК > КРИПТО-ПРО > Инструменты КриптоПро
или воспользуйтесь поиском через сочетание клавиш «Win + S» и введите «cptools» или «Инструменты КриптоПро»
Наберите в меню пуск или в поиске 
«cptools»
Запустите программу: Finder > Программы > Инструменты КриптоПро
или воспользуйтесь поиском через сочетание клавиш «Command ⌘ — пробел» и введите «cptools» или «Инструменты КриптоПро»
Установка сертификата в контейнер
Убедитесь, что носитель с контейнером ключей электронной подписи подключён! Он должен отображаться на вкладке «Контейнеры». Контейнер был создан при генерации ключей электронной подписи (когда вы шевелили курсором по окну КриптоПро CSP).
Откройте вкладку «Сертификаты», затем нажмите кнопку «Установить сертификаты» и выберите файл сертификата (обычно с расширением .cer или .crt)
После успешной установки появится сообщение «Установка завершена, сертификаты распределены по хранилищам»
Проверьте работу электронной подписи на тестовой странице.