ФНС записывает ключи электронной подписи на USB-токен только в контейнер КриптоПро CSP. Соответственно у вас для работы с электронной подписью должна быть установлен криптопровайдер КриптоПро CSP. На ViPNet CSP и других криптопровайдерах ФНС не выпускает сертификаты.

Исключение — электронная подпись записанная на USB-токен семейства Рутокен ЭЦП с использованием встроенного криптопровайдера. Обычно такая ЭП используется в системе ЕГАИС.